旗舰就是一些国家的海军舰队司令、编队司令所在的军舰，因舰上挂有司令旗（夜间加挂司令灯），故叫旗舰，中国人民解放军叫指挥舰。
那么顾名思义“旗舰店”就是企业在营销管理过程当中处于某地级别最高的品牌形象展示店，一般来讲就是位置极佳、客流极强、销售极好的地方的样板店。其实质就是相对于同“小舢板”式专卖店或专业店的有代表性而且级别最高的某品牌或某大类商品的专卖店或专业店。例如金利来旗舰店就属于品牌专卖店，而邯郸爱力通讯旗舰店就属于品牌专业店。

旗舰店不但是一个概念，一个品牌，一种哲学，一套生活方式，旗舰店更应当是形象的旗舰店，更好的展示该企业品牌的形象；是销售的旗舰店，要有好的销售业绩；更是管理的旗舰店，高效地管理当地专卖店和经销代理商（其中包括对员工的管理）。
旗舰店不仅是个时髦的外来词，他是顺应企业发展需要的，是企业参与市场竞争的必然，也是品牌竞争的一种手段，因而它对企业本身也是很有意义的。旗舰店是加快实施品牌形象工程，加大品牌形象店建设步伐，促进连锁经营发展，树立知名品牌形象，扩大市场份额的有效手段。